Pondok Pesantren ‘Ainurrafiq melaksanakan pendidikan terpadu selama 24 jam setiap hari melalui 3 pusat pendidikan, yaitu:
- Pendidikan Asrama
- Tarbiyah Ruhiyah (Pendidikan Kerohanian)
- Tarbiyah Khuluqiyah (Pendidikan Akhlaq)
- Tarbiyah Jismiyah (Pendidikan Jasmani)
- Tarbiyah Nisa’iyah (Pendidikan Kewanitaan)
- Pendidikan Sekolah
- Tarbiyah Aqliyah (Pendidikan Intelektual)
- Tarbiyah Mihniyah (Pendidikan Kreativitas)
- Tarbiyah Funun Jamilah (Pendidikan Seni)
- Pendidikan Lingkungan
- Tarbiyah Ijtima’iyah (Pendidikan Masyarakat)
- Tarbiyah Mu’asyaroh (Pendidikan Bergaul)
- Tarbiyah Tahawuriyah (Pendidikan Komunikasi), dll.