Pondok Pesantren ‘Ainurrafiq melaksanakan pendidikan terpadu selama 24 jam setiap hari melalui 3 pusat pendidikan, yaitu:

  1. Pendidikan Asrama
    • Tarbiyah Ruhiyah (Pendidikan Kerohanian)
    • Tarbiyah Khuluqiyah (Pendidikan Akhlaq)
    • Tarbiyah Jismiyah (Pendidikan Jasmani)
    • Tarbiyah Nisa’iyah (Pendidikan Kewanitaan)
  2. Pendidikan Sekolah
    • Tarbiyah Aqliyah (Pendidikan Intelektual)
    • Tarbiyah Mihniyah (Pendidikan Kreativitas)
    • Tarbiyah Funun Jamilah (Pendidikan Seni)
  3. Pendidikan Lingkungan
    • Tarbiyah Ijtima’iyah (Pendidikan Masyarakat)
    • Tarbiyah Mu’asyaroh (Pendidikan Bergaul)
    • Tarbiyah Tahawuriyah (Pendidikan Komunikasi), dll.