Program Pendidikan yang dilaksanakan di Pondok Pesantren ‘Ainurrafiq adalah sebagai berikut :

1. Diniyah Takmiliyah Awwaliyah (DTA) ‘Ainurrafiq

2. SMP dan SMA Islam ‘Ainurrafiq (Reguler)

  • SMP Islam ‘Ainurrafiq berasrama
  • SMA Islam ‘Ainurrafiq berasrama

3. SMP dan SMA Tahfidz Qur’an Terpadu

  • SMP Islam ‘Ainurrafiq Konsentrasi Tahfidz Qur’an
  • SMA Islam ‘Ainurrafiq Konsentrasi Tahfidz Qur’an

4. Salafiyyah Sunniyah Syafi’iyyah (Rubath ‘Ainurrafiq)

  • Konsentrasi Kitab Klasik (Kitab Kuning)
  • Konsentrasi Tahfidz Qur’an