Pondok Pesantren ‘Ainurrafiq Kuningan mulai dibangun tahun 1999, dan mulai beropreasi pada tahun 2002, dibawah naungan Yayasan ‘Ainurrafiq, sebagai badan hukumnya. Nama ‘Ainurrafiq sendiri merupakan perpaduan antara kata Ainur yang diambil dari nama Istri (Hj. Nunung Nuraeni) dan Rafik adalah nama H. Achmad Rafik Rosyad selaku pendiri. Sebagai sebuah pondok pesantren terpadu, ‘Ainurrafiq memiliki keunikan-keunikan tersendiri. Keunikan pertama ada pada desain kurikulum yang mengintegrasikan kurikulum Diknas, Pesantren Modern, dan Pesantren Salafi dengan perimbangan yang proporsional, serta pendidikan berasrama dengan didukung fasilitas yang memadai dan lingkungan yang asri. Tujuan utamanya adalah mengupayakan terciptanya iklim pendidikan yang kondusif, refresentatif, dan modern. Keunikan yang kedua ada pada bangunannya di mana semua lantainya menggunakan keramik pecah, lantai keramik tidak kotak-kotak teratur sebagaimana layaknya lantai keramik, tapi lantai keramik bangunan pesantren ini berasal dari keramik sisa, yang pecah-pecah. Begitu juga kaca-kaca yang digunakan, juga dari sisa-sisa buangan.
Bukan sekadar unik, tetapi mengandung nilai filosofi yang penuh makna. Filosofi tersebut adalah:
“Keramik apapun bentuknya tetap keramik, punya derajat yang sama. Dari serpihan-serpihan kecil itu bisa menjadi sesuatu yang hasilnya malah lebih indah daripada keramik yang utuh. Dengan begitu cost yang dikeluarkan lebih rendah dan sisa uangnya bisa dimanfaatkan untuk membangun hal lainnya. Seperti halnya manusia, yang kaya atau miskin, derajatnya sama di depan Allah SWT. Hanya kadang tidak sadar bahwa yang kelihatan miskin juga puya banyak potensi jika dikaryakan dan mau berkarya”
(H. Achmad Rafik Rosyad)